自从2024年第一部《中华人民共和国水法》颁布实施以来，我国的水利事业逐步走上了法治轨道，逐渐形成了依法管水、依法治水的新局面，水行政执法已成为国家合理开发与利用水资源的有力保障，更是维护良好水事环境的有效手段，为水利事业的快速发展起到了保驾护航的作用。
不过，由于种种原因，目前我国的水行政执法工作仍存在一些问题，特别是基层水行政执法面临的问题更为突出，要开创水行政执法新局面，加快水利事业发展步伐，就需要找准问题，对症下药。
水行政执法工作存在的问题。
一是水行政执法现行体制不完善、机制不健全，基层水行政执法单位缺乏独立性和自主性，一定程度上影响了水行政执法的效能。我国目前现有的水行政执法机构，缺乏履行职能所必需的行政管理权和自主处理相关水行政执法事务的处分决定权。在水行政执法实践中，基层水管单位往往不是作为执法主体行使其处罚权，而是受水行政主管部门的委托行使其权利。
极大地限制了基层水管单位实施水行政执法的独立性和自主性，降低了执法时效性和快速反应能力，增大了执法成本和执法风险。
二是水行政执法机构权限分工不明确，水行政执法方面的事权划分不清楚。流域管理机构与地方水行政主管部门在水行政管理和执法的具体工作中存在着交叉和重叠的区域，各级水行政执法机构权限分工不够明确，水行政执法监管机构内部的具体职能划分没有明确界限，水行政执法方面的事权划分基本上还属空白，与基层水行政执法的艰巨任务明显不相适应，在一定程度上影响和制约了基层水行政执法工作的开展。
三是基层水行政执法人员的综合素质达不到要求，部分水行政执法人员专业水平有待提高。目前基层水行政执法人员法律法规知识和执法经验相对欠缺，多数基层水行政执法人员都没有经过严格的培训就直接上岗，执法中往往陷入被动，时常出现法律文书不规范、条文引用不准确、关键证据缺失，执法程序错误等“硬伤”，不但会使最后的案件处理结果出现瑕疵，失去公平，甚至可能出现冤案，给水利工作带来负面影响。
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